L'indirizzo Diritto Canonico Comparato prevede lo studio del diritto canonico in comparazione al diritto delle altre confessioni cristiane, nonché gli elementi primari delle strutture giuridiche delle altre religioni monoteistiche.
Il ciclo di studi si differenzia in due percorsi, uno per giuristi ed uno per teologi. Per i primi, ossia per coloro che hanno già acquisito una formazione accademica in discipline giuridiche e non posseggono un titolo canonico in teologia, è obbligatorio seguire un biennio introduttivo di corsi teologico-filosofici comprendente quattro semestri. Per i secondi, ossia per coloro che sono in possesso di un titolo accademico in Teologia, non è necessario il biennio introduttivo, anche se possono essere obbligati dal Consiglio Direttivo dell’Istituto a scegliere qualche corso o seminario tra quelli offerti dalla FTL.
Per il conseguimento del titolo è necessario raggiungere 120 Ects (European Credit Transfer System) ottenibili in un periodo di almeno 2 anni (4 semestri) di studio.
Ottenuto il Master è possibile continuare gli studi in Diritto Canonico presso le Università di Diritto Canonico (sia In Italia che in altri paesi europei) con cui sono state sottoscritte convenzioni (per esempio Facoltà San Pio X di Venezia, Pontificia Università della Santa Croce e Pontificia Università Lateranense), a norma delle disposizioni del Novo Codice relative al terzo anno e agli esami finali.
Gli studenti che intendono conseguire il Master of Arts si immatricolano presso la Facoltà di Teologia di Lugano.