Il ciclo di studi si articola su 4 semestri e si differenzia in due percorsi, uno per giuristi ed uno per teologi.
Per i primi, ossia per coloro che hanno già acquisito una formazione accademica in discipline giuridiche e non posseggono un titolo canonico in teologia, è obbligatorio seguire un biennio introduttivo di corsi teologico-filosofici (corsi attivati dalla Facoltà di Teologia di Lugano).
Per i secondi, ossia per coloro che sono in possesso di un titolo accademico in Teologia, non è necessario il biennio introduttivo, anche se possono essere obbligati dal Consiglio Direttivo dell’Istituto a scegliere qualche corso o seminario tra quelli offerti dalla FTL (in particolare Teologia del Diritto canonico, Ecclesiologia e Teologia fondamentale).
Il piano di studio si può considerare concluso una volta superati gli esami di tutti i corsi prescritti del biennio, elencati di seguito e fino al raggiungimento di 120 ECTS (European Credit Transfer System) ripartiti in 100 di corsi prescritti e 20 di tesina di Master.